Hola que tal, creo que te hace pelotas la definición, el uso de una herramienta y la implementación al grado de que no puedes diferenciar cada una de ellas y para lo cual trataré de explicarte cada uno:
Primero, el Diagrama Entidad Relación (E-R) es un diagrama o dibujo a través del cual representas las entidades (tablas) y sus relaciones, inlusive puedes dar mayores detalles como los campos de cada tabla, llaves primarias, foraneas y demás. Por tanto, y al tratarse de un diagrama, forma parte de la fase de diseño de todo sistema puesto que para obtenerlo, necesitas tener los requerimientos plasmados en un papel en forma de oraciones o casos de uso a través del cual puedas hacer una lista de los sustantivos y verbos que aparecen. Los sustantivos son posibles entidades o atributos. Los verbos son posibles relaciones.
Una vez aclarado que el Diagrama ER forma parte del diseño, entramos a ahora al terreno de las herramientas CASE o de diseño que puedo usar. En el mercado o incluso a través de licencias libres, existen varios programas que pueden ayudarte a representar tu modelo ER y que adicional a la representación (en algunos casos) te pueden incluir alguna herramienta para generar el código o la base de datos, cuando esto es posible se dice que el programa es una Herramienta CASE que puede traducirse su significado como " Ingeniería de Software Asistida por Computadora". Existen varias Herramientas CASE para Bases de datos, es decir que para generar la base de datos o un script que genere la base de datos automáticamente, deberás alimentar de información el programa. Generalmente la forma de introducir información a estos programas es a través de un diagrama, donde describes las tablas con sus campos, tipos de datos, llaves primarias y foraneas así como las relaciones entre las mismas y quizas a través de un botón o en el menú se incluya la opción para generar el código correspondiente.
No siempre los programas que utilices para representar las bases de datos como el que usas "workbench" requieren el ingreso de un Diagrama Entidad Relación, puesto que en estricto hay muchos conceptos que manejan los Diagramas ER que no se pueden representar (o dibujar) ahí, ya que forma parte de la abstracción de los requerimientos hacia una tabla y relaciones; tales conceptos pueden ser: Entidad Débil, entidad fuerte, relaciones muchos a muchos entre otros.
Así que aunque, los programas indiquen o mencionen (Diagrama Entidad Relación) en estricto no siempre soportan todos los conceptos que manejan los Diagramas Entidad Relación que puedes plasmar en un papel con tu propio lápiz.
Si requieres mas información ya sabes donde escribir. Saludos!