Como en cualquier otro sistema operativo la seguridad no depende del SO, sino del usuario que lo maneja.
Si lo que quieres es seguridad en redes te recomiendo que busques los manuales de iptables en http://netfilter.org y el manual practico de iptables de Pello Xavier disponible en http://www.pello.info
Tambien puedes averiguar acerca de Bastille, que no es mas que un programa que haciendote una serie de preguntas contribuye a fortalecer la seguridad de tu sistema operativo, no solo en la red. Tambien te recomiendo que leas acerca de Tiger, que es un programa que audita tu SO y reporta los bugs que encuentra. Sobre estos dos programas no te doy referencias, ya que si tienes Linux la ayuda viene con estos en /usr/share/doc, una vez que los instalas. No esta de mas que aprendas el uso de nmap (scanport) y ngrep (sniffer).
En cuanto a seguridad local Linux posee un sistema complejo de autorizaciones basado en permisos de usuario y propietarios de archivos. Los que a su vez estan organizados en grupos. Puedes averiguar acerca de los comandos chmod y chown.
Las passwords de usuario se encuentran encriptadas en el fichero /etc/shadows con un sistema unidireccional, esto es que permite encriptra, pero no la operacion inversa, un crackeador de passwords debe hacer lo mismo que hace el sistema cuando introduces la contraseña: encriptar la cadena introducida y compararla con la que esta en shadow.
Todos los usuarios en Linux son limitados, todos excepto root o cualquier usuario incluido en este grupo. Para garantizar algunos privilegios de superusuario a una cuenta cualquiera deberas usar el programa sudo.
En la red podras encontrar mucha documentacion referente al tema. Ademas, Linux proporciona muchos mas elementos para la seguridad y muchos programas poseen aditamentos de seguridad adicionales, como mysql-server.
Vaya, para no alargarte la cosa, puedo recomendarte que busques ademas, documentacion referente a GPG, MD5, SSL y muchos otros sistemas de encriptacion.
Ahh, otra cosa, cuando trabajes en red siempre es bueno utilizar protocolos encriptados (seguros) como ssh y ssl, ya que al viajar encriptados los datos, no seras victima de un sniffer (programa para filtrar e interceptar determinados paquetes).
Bueno, esto es todo lo que puedo decirte a grandes rasgos, Linux es un sistema seguro y estable, pero solo para aquellos con la paciencia y el conocimiento suficiente para saber configurarlo adecuadamente. Pero no deberas halarte los pelos, una instalacion de Linux, por defecto, tal y como viene es ya de por si bastante segura, y un usuario ordinario no tiene necesidad de estar configurando nada.
Un sitio del que puedes obtener mucha informacion de seguridad es este:
http://www.sans.org/
El unico problema que puede acaecerte es que esta en ingles.