Pues te explico un poco...
El formato fat y el fat16, vendrían a ser lo mismo, que es com si dijéramos el formato "universal" pero que trabajan en base a 16 bits, por lo que si no lo vas a utilizar en ordenadores de más de 10 años, no recomiendo este formato, pues el de 32 bits te ofrece lo mismo y mas, aunque es posible que tengas algún problema de compatibilidad y lo necesites en /fat16. El fat32 es eso, una versión mejorada que trabaja entorna a 32 bits. Este seria el que recomendaría principalmente, pues es el más universal. Después el ntfs, es el formato de windows, formatealo en ntfs, si estás seguro que solo vas a usar en pendrive en ordenadores windows, porque el linux y mac no te reconocerá este formato, y después esta el exFAT se utiliza cuando el sistema de archivos NTFS no es factible debido a la sobrecarga de las estructuras de datos, aunque en los tiempos que corren es muy poco común.
En conclusión: Si solo lo vas a usar en ordenadores con windows, formatea en NTFS, pero lo mas recomendado es FAT32 y/o FAT, porque son los mas universales y compatibles, además que los tdt, las televisiones y otros aparatos que puedan leer información de un USB, casi seguro necesitaran el formato FAT/FAT32