Te oriento por encima:
No puedes tener dos bases de datos a la vez porque tendrías que hacer todo por duplicado y que yo sepa access no es accesible desde web.
¿Qué se puede hacer?
1- Tienes que tener el servidor MySQL
2- Tienes que instalar el ODBC Driver para MySQL
3- Tienes que crear una base de datos en blanco
3.1- Tienes que crear un conector
3.2- Tienes que ir al panel de control de windows y seleccionar 'Herramientas Administrativas' y luego 'Administrador de origenes ODBC'
3.3- Vas a la pestaña 'DNS de usuario' (también valdrías DNS de sistema)
3.4- Seleccionas 'Agregar' y buscas en la lista el Driver Mysql (quizás esté en los ultimos lugares de la lista)
3.5- Se debería de abrir la ventana del conector OBDC de mysql
3.6-
....... En Data Source Name pones el nombre que quieras darle al conector
....... Si quieres pones ponerle una descripción en el campo Description
....... Tienes que tener seleccionada la opcion TCP/IP Server no es necesario que pongas el host si el servidor está en tu pc, pero si te empeñas puedes porner 'localhost'
....... En user poner el nombre de root y en password la clave.
3.7- Clicas en Test y deberia de poner que todo fue bien y en Database debería de haber una lista con todas las base de datos que tengas en Mysql, seleccionas la que creaste en el punto 3 y ¡¡¡listo!!
4- Tienes que ir al access y situarte en cada una de las tablas y haciendo click con el botón derecho seleccionar exportar
5- En 'Guardar como tipo' tienes que seleccionar 'ODBC Database' .
6- Tienes que poner el nombre que tendrá la tabla o mantener el que ya tiene
7- En la ventana 'Seleccionar Origenes de los datos' vete a la pestaña 'Origen de datos de equipo'
8- En la lista que veras selecciona la base de datos que creaste en el punto 3
9- Pones el nombre de root, contraseña
10- Has terminado con esta parte
Los pasos de 4 a 10 tienes que repetirlo con todas las tablas que quieras exportar.
Todo lo que has hecho es exportar las tablas, pero si haces modificaciones de datos en access no se van a ver reflejadas en Mysql, para ello puedes vincular las tablas que tienes en MySQL siguiendo estos pasos:
1- Abres el Access
2- En la lista de las tablas haces click con el boton derecho del raton sobre la ventana y seleccionas 'Vincular tablas'
3- En Tipo de archivo seleccionas ODBC Database
4- Seleccionas la pestaña 'Origenes de datos de equipo'
5- Seleccionas el conector. Es lo que creaste en los pasos 3.x de la explicación anterior
6- Pones la contraseña del usuario. Como creaste el conector con el usario root pues pones la clave de root
7- Seleccionas las tablas que quieras vincular, puedes seleccionar varias de una vez.
8- Creas las relaciones entre las tablas vinculadas
9- Eliminas las tablas viejas (las que son locales al access)
El problema que puedes tener es que los nombres de las tablas vinculadas no coincidan con las tablas anteriores por lo que vas a tener que modificar tus formularios y consultas.
No veo la necesidad de tener una parte en access y otra en web. Lo ideal es que todo estuviese en web, incluida las modificaciones, inserción y eliminación.
Cuando abras el access te va a pedir que introduzcas el nombre de usuario y contraseña. Se refiere al nombre de usuario y contraseña para conectar con el gestor Mysql.
Cuando crees la base de datos puedes crear tambien un nuevo usuario con privilegios totales (comando GRANT) y de esa manera puedes evitar usar el usuario root.
Creo que no me he olvidado de nada más. Bueno .. sí tengo XP y Office XP por lo que algunos nombres no tienen porque coincidir con lo que te he dicho.
Suerte!!
PD: Espero que valores adecuadamente mi respuesta