Puedes aprender sobre sistemas operativos independientemente de aprender programación, por lo que no hay esa dependencia que tu crees. Puedes aprender primero programación y luego sistemas operativos, o viceversa.
Te recomiendo primero aprender sobre sistemas operativos (como Linux), y luego programación. Si puedes llevar los cursos al mismo tiempo, no hay problema ;-)
Hablando específicamente de programación, es mejor que empieces de lo más básico a lo más complejo; asi, primero es mejor que aprendas Visual Basic y luego C o C++ ;-)
UNA NOTA:
Hay algo llamado Wikipedia, donde puedes encontrar mucha información técnica y muchos más detalles sobre Linux, Windows, Visual Basic, C++, etc etc etc etc. Puedes consultarla en inglés (mi favorita) o en español:
http://en.wikipedia.org/
http://es.wikipedia.org/
ADICIONAL:
Tanto Windows como Linux son buenas plataformas para programar. En Windows puedes programar en C, C++, Visual Basic, Java, etc etc; en Linux también puedes aprender programación, usando C, C++, Java u otros (VB no funciona sobre Linux).
Visual Basic es un lenguaje hecho para Windows, por lo que no lo puedes usar para programar en Linux. Si quieres un lenguaje que funcione en Windows como en Linux, entonces C++ es el indicado (Java también es multiplataforma, pero eso es otra historia).
GNOME es una interfaz gráfica de usuario, es el gestor de ventanas que permite manejar Linux usando el mouse, ventanas, menús, íconos, etc. Otro gestor de ventanas es KDE, que ofrece otra interfaz visual. Estos gestores están escritos en C o C++, por lo que, si quieres aprender a modificar GNOME, tendrás que primero saber escribir en C o C++.
EN CONCLUSIÓN:
Todo depende de lo que quieres hacer, si estás recién ingresando en esto de la informática, primero debes conocer bien los sistemas operativos, como Linux o Windows.
Luego de aprender a conocer los sistemas operativos, puedes aprender a programar. En los cursos de programación te enseñan principalmente la sintaxis del lenguaje (o sea, los comandos, los métodos principales, etc).
Ahora, depende de ti si los llevas en paralelo o en serie (uno despues del otro).
Espero que te vaya bien en tus cursos :D
Saludos y suerte!