Lo correcto es cobrar por hora trabajada, tu pones tu precio. Aunque no te limites a cobrar poco sólo porque sea el primer trabajo de éste tipo. Si es una empresa que se dedica al comercio toma en cuenta que una web es una inversión, tú le harás ganar dinero, en poco tiempo recuperan la inversión así que si no acepta el precio que consideres justo (tampoco abuses :P) no malbarates tu trabajo, habrá otras personas que sí paguen por ello.
Te comparto mi anécdota: La primer web que hice cobré $12 dólares por hora, tomando en cuenta que trabajé 55 horas (8, 8, 8, 9, 8, 7, 7) creo que me fué bien para ser la primera, aparte de que fue para una institución sin fines de lucro.
Lo que pedían fue una web en la que publicaran noticias, muy sencilla aunque armé el CMS por completo (bueno, ya había hecho uno tiempo atrás, sólo lo adapté :D), no como aquellas que piensan que saber instalar Drupal/Joomla/Wordpress ya son diseñadores/programadores web.
Los estudios no son problema, el cliente no puede pagarte menos por ello, el paga por el trabajo hecho no por la cantidad de diplomas que alguien tiene.